Για περισσότερο από τρεις αιώνες -από το 20 π.Χ. έως το 297 μ.Χ.- η Γόρτυνα αποτέλεσε πρωτεύουσα και κυβερνητικό κέντρο της συγκλητικής επαρχίας Κρήτης και Κυρηναϊκής που περιελάμβανε εκτός από το νησί της Κρήτης και ένα μέρος της υπερσαχάριας Αφρικής. Το 115 μ.Χ ξεσπά στην Κυρήνη εξέγερση Εβραίων κατά της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας ως αντίδραση στην καταπίεση που ασκούσε οι πολυθεϊστική κουλτούρα της αυτοκρατορίας στις εβραϊκές θρησκείες . Αρχηγός της εξέγερσης ήταν ένας Εβραίος ονόματι Λουκούας, ο οποίος αφού αυτοανακηρύχθηκε βασιλιάς των Εβραίων - μεσσίας κατά την εβραϊκή πίστη- οδήγησε τους εξεγερμένους σε μακελειό. Σύμφωνα με τον Δίων τον Κάσσιο, ο εξεγερμένος όχλος φορούσε τα εντόσθια των ελλήνων και ρωμαίων θυμάτων του για ζώνες και τα δέρματα τους για ρούχα. Κατά την εξέγερση καταστραφήκαν όλοι οι πολυθεϊστικοί ναοί της Κυρήνης, χαρακτηριστικά του Δία, της Εκάτης, του Απόλλωνα και της Άρτεμις, και ισοπεδώθηκαν όλα τα δημόσια κτίρια, ενώ τα θύματα της εξέγερσης μονό στην Κυρηναϊκη εκτιμούνται στου 220.000 Έλληνες και Ρωμαίους. Τον επόμενο χρόνο τα αντίποινα των ρωμαϊκών λεγεώνων θα είναι βαριά, με γενοκτονίες και μαζικούς διωγμούς κατά των Εβραίων στην Κυρηναϊκή και στις αλλες επαρχίες όπου σημειώθηκαν εξεγέρσεις. Τρεις αιώνες αργότερα επί βασιλείας του Θεοδόσιου του πρώτου, ο Χριστιανισμός θα επικρατήσει τελικά εκ των έσω στην ρωμαϊκή αυτοκρατορία έως και την πτώση της το 1453, διαμορφώνοντας μια ιστορική περίοδο χιλίων και πλέον χρόνων γνωστή ως ‘’μεσαίωνας‘’. Tο 325 μ.Χ. η Πρώτη Οικουμενική Σύνοδος σηματοδοτεί την πρώτη θρησκευτική και έπειτα πολιτισμική μετάβαση στο σύνολο της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, ακολουθεί η άνοδος του χριστιανισμού και η δύση των αρχαίων θρησκειών που επικρατούν αυτή την περίοδο στο νησί της Κρήτης και σε μεγάλο βαθμό κατάγονται από αυτό. Χαρακτηριστικά για το πως αντιμετώπισαν οι Κρήτες τον χριστιανισμό τα πρώιμα χρόνια του είναι η παντελής απουσία Κρητών από την σύνοδο σε αντίθεση με γειτονικά νησιά του Αιγαίου και κυρίως τα λόγια του απόστολου Παύλου στην επιστολή προς Τίτο της Καινής Διαθήκης 1:10–13 η οποία εγκρίθηκε σαν ιερό βιβλίο από την σύνοδο αυτή. Το 381 ο Θεοδόσιος Α΄ , ο τελευταίος αυτοκράτορας του ενιαίου ρωμαϊκού κράτους, καταπατώντας το διάταγμα των Μεδιολάνων, ξεκινά διώξεις κατά των πιστών των αρχαίων θρησκειών. Μεταξύ 389 -392 δημοσίευσε το διάταγμα του Θεοδοσίου το οποίο προέβλεπε, μεταξύ άλλων, απαγόρευση άσκησης των αρχαίων θρησκειών με την ποινή του θανάτου, αντικατάσταση των αργιών των αρχαίων θρησκειών με αργίες εορτασμών αγίων, κλείσιμο πολυθεϊστικών ναών και διάλυση των Εστιάδων. Μετά από διαταγές του ή με την ανοχή του, καταστράφηκαν πολλοί ναοί και ιερά αντικείμενα από τους χριστιανούς σε ολόκληρη την αυτοκρατορία. Μετά το θάνατο του Θεοδόσιου, η αυτοκρατορία χωρίζεται σε δυτική και ανατολική με πρωτεύουσες την Ρώμη και την Κωνσταντινούπολη αντίστοιχα, η διοίκηση της Κρήτης περνά στο ανατολικό ρωμαϊκό κράτος λόγο γεωγραφικής θέσης, αλλά θρησκευτικά παραμένει στην δικαιοδοσία του Πάπα. Με εξαίρεση μια επίθεση από τους Βάνδαλους το 457 και τους μεγάλους σεισμούς του 365 , 415 , 448 και 531 , οι οποίοι κατέστρεψαν πολλές πόλεις, το νησί παρέμεινε ειρηνικό και εύπορο τους επόμενους αιώνες, όπως μαρτυρούν τα πολυάριθμα μεγάλα και καλά χτισμένα μνημεία της περιόδου που επιβιώνουν. Ο πληθυσμός κατά την περίοδο αυτή εκτιμάται στους 250.000. Ο αυτοκράτορας Λέων Γ´ ο Ίσαυρος μεταφέρει το νησί από την δικαιοδοσία του Πάπα σε εκείνη του πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης , καθώς τα πρώτα σημάδια του σχίσματος των εκκλησιών αρχίζουν να φαίνονται. Για να γίνει πιο εύκολα αποδεκτός ο χριστιανισμός στην ελληνική και την ιταλική χερσόνησο, αναπτύχτηκε εξ αρχής η αγιογραφία και η γλυπτική σαν μέρος της λατρείας, καθώς οι λαοί των περιοχών αυτών είχαν ειδωλολατρικές καταβολές και τα τυπικά των αρχαίων θρησκειών περιελάμβαναν λατρεία αγαλμάτων και παραστάσεων μέσα σε ναούς. Ο καταγόμενος από την Μικρά Ασία Λέων -το πραγματικό του όνομα ήταν Κονων- όντας γεννημένος σε μια περιοχή της ανατολής όπου οι θρησκείες με το ανεικονικό τυπικό επικρατούσαν, έβλεπε την λατρεία των εικόνων της δύσης σαν ένα κατάλοιπο των αρχαίων θρησκειών που έπρεπε να εκριζωθεί. Ο Λέων απέτυχε να επιβάλλει την εικονομαχία στην ιταλική χερσόνησο και οι σχέσεις Κωνσταντινούπολης-Ρώμης επιδεινώθηκαν. Μετά τη δημοσίευση του εικονοκλαστικού διατάγματος, που κατέστησε την εικονομαχική διδασκαλία επίσημο δόγμα του κράτους και της Εκκλησίας, ήταν πλέον αναπόφευκτη η ανοικτή ρήξη. Ο Πάπας Γρηγόριος Β΄ παρότρυνε τους πιστούς σε επανάσταση κατά της βυζαντινής αρχής με χαρακτηριστική εκείνη της Βενετίας το 726 μ.Χ όπου ο βυζαντινός Έξαρχος της πόλης δολοφονήθηκε και εκείνη του Κοσμά κατά της Κωνσταντινούπολης ένα χρόνο αργότερα. Ο Κρητικός οπλαρχηγός Κοσμάς όπως τον αναφέρει ο Θεοφάνης ο Ομολογητής στην χρονογραφία του, με την βοήθεια του τουρμάρχη του ελληνικού θέματος Αγαλλιανού , επιτίθεται στην Κωνσταντινούπολη με στόλο από την Κρήτη και τις Κυκλάδες. Ο στόλος καταστράφηκε ολοσχερώς με υγρό πυρ ανοικτά της Κωνσταντινούπολης στις 18 Απριλίου του 727 , ενώ οι οπλαρχηγοί εκτελέστηκαν. Το 732 μ.Χ ο Πάπας Γρηγόριος Γ΄ καταδίκασε σε σύνοδο τις εικονομαχικές απόψεις του Λέοντα και ο Λέων φυλάκισε τους απεσταλμένους του Γρηγορίου Γ' και δήμευσε όλα τα κινητά και ακίνητα περιουσιακά στοιχεία της ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας στην Κρήτη και αλλού. Τη θρησκευτική διαφωνία ακολούθησε η πολιτική αποξένωση. Πρώτες πολιτικές συνέπειες της εικονομαχίας ήταν η διεύρυνση του χάσματος ανάμεσα στην Κωνσταντινούπολη και τη Ρώμη και η αποδυνάμωση της θέσης του ανατολικού ρωμαϊκού κράτους στην ιταλική χερσόνησο. Κάποια στιγμή ανάμεσα στο 820 και το 829, κατά την περίοδο της εικονομαχίας, επί βασιλείας Μιχαήλ Β´ , μία ομάδα Αράβων εξόριστων από την Ανδαλουσία της Ισπανίας αποβιβάζεται στην Κρήτη μαζί με τις οικογένειές τους, έχοντας πίσω τους ένα μεγάλο ιστορικό περιπλάνησης στη Μεσόγειο. Ο θρύλος λέει ότι μετά την άφιξή τους στη Κρήτη, έκαψαν τα πλοία πίσω τους. Ήταν οι επιζήσαντες του αποτυχημένου πραξικοπήματος κατά του εμίρη Αλ-Χακάμ Α' της Κόρδοβα. Οι Άραβες της Ανδαλουσίας , με επικεφαλής τον Αμπού Χαφέζ, εδραίωσαν την πόλη του Χάνδακα σε μια ακατοίκητη περιοχή, χωρίς αντίδραση από τον τοπικό πληθυσμό, καθώς οι κάτοικοι του νησιού δεν έτρεφαν πια καμία συμπάθια προς την άλλοτε ρωμαϊκή κυριαρχία την οποία χαρακτήριζε η διαφθορά και η επαχθείς φορολογία, καθώς και οι ακραίες διώξεις κατά των εικονόφιλων του νησιού όπως του Άγιου Ανδρόνικου και του Άγιου Ανδρέα του μάρτυρα . Κατά την περίοδο του εμιράτου το νησί μετατράπηκε από μια προβληματική και ξεχασμένη παραμεθόριο της βυζαντινής αυτοκρατορίας σε εύπορο ανεξάρτητο κράτος όπου ανθούσε η γεωργία και το εμπόριο με εξαγωγές μελιού, κρασιών, τυριών και ξυλείας. Είναι βέβαιο ότι η Κρήτη ήταν μια αποικία περατών όπως περιγράφεται στις βυζαντινές πηγές. Από αρχαιολογικά ευρήματα και αναφορές από τον αραβικό κόσμο προκύπτει ότι ο Χάνδακας εκείνης της εποχής υπήρξε ένα σημαντικό πολιτισμικό κέντρο με ισχυρή οικονομία και υψηλό επίπεδο διαβίωσης του κατοίκων του. Ο ισλαμισμός εξαπλώνεται βίαια στην ενδοχώρα του νησιού . Προκύπτει ότι ένας πολύ μεγάλος αριθμός Κρητών εντάχθηκε στην πολιτεία του εμιράτου. Το 843 ο ευνούχος στρατηγός Θεόκτιστος αποβιβάζεται στην Κρήτη και ξεκινά να την οργανώνει ως θέμα χωρίς όμως να επιχειρήσει στον Χάνδακα όπου βρίσκονταν οι Σαρακηνοί. Κατά την διάρκεια της εκστρατείας άκουσε φήμες ότι η τότε αυτοκράτειρα Θεοδώρα σκόπευε να ανεβάσει στον θρόνο τον αδελφό της τον Βάρδα. Έτσι εγκατέλειψε το εκστρατευτικό σώμα στην Κρήτη και επέστρεψε εσπευσμένα στην Κωνσταντινούπολη, μόνο για να βεβαιωθεί ότι η φήμες ήταν λανθασμένες. Εντωμεταξύ στην Κρήτη ο βυζαντινός στρατός είχε καταστραφεί ολοσχερώς από τους Σαρακηνούς. Το 904 Σαρακηνοί από την Κρήτη υπό τον αρνησιθρησκο ναύαρχο Λέοντα τον Τριπολίτη, λεηλατούν την Θεσσαλονίκη, την δεύτερη σε μέγεθος πόλη της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Δέσμευσαν όλο τον πλούτο της πόλης και πήραν 22.000 χιλιάδες αιχμαλώτους νεαρής ηλικίας. Κάποιοι από αυτούς ανταλλάχτηκαν με Σαρακηνούς και άλλοι πουλήθηκαν ως σκλάβοι. Κατά την λεηλασία της Θεσσαλονίκης επιτάχθηκαν από τους Σαρακηνούς 60 Βυζαντινά καράβια διαφόρων τύπων. Το 911 ο βυζαντινός ναύαρχος Ιμέριος θα αποπειραθεί να καταλάβει το νησί της Κρήτης με 177 πλοία και 43.000 στρατιώτες. Μετά την αποβίβαση στην ακτογραμμή του Χάνδακα, το κάστρο θα τεθεί σε πολιορκία για 6 μήνες, έως ότου φτάσει η είδηση ότι ο βυζαντινός αυτοκράτορας Λέων ο Σοφός ασθένησε και πρόκειται να πεθάνει, οπότε εγκαταλείφθηκε η πολιορκία και ο βυζαντινός στόλος αναχώρησε εσπευσμένα. Κατά την επιστροφή στην Κωνσταντινούπολη ο βυζαντινός στόλος θα καταστραφεί ολοσχερώς ανοικτά της Χίου από τις αρμάδες του Λέοντα του Τριπολίτη και του επισης εξωμότη ναυάρχου Δαμιανού της Τάρσου τον Απρίλιο του 912 μ.Χ. Ο Λέων και ο Δαμιανός συνεργάστηκαν στενά στις επιθέσεις κατά των βυζαντινών ορμώμενοι από το ασφαλές λιμάνι του Χάνδακα. Το 949 ο βυζαντινός αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Ζ' o Πορφυρογέννητος επιχειρεί μια ακόμα εκστρατεία στην Κρήτη με επικεφαλής του στόλου τον ευνούχο ναύαρχο Κωνσταντίνο Γογγύλη από την Παφλαγονία, ο οποίος απέπλευσε με δύναμη 100 πλοίων και αρκετών χιλιάδων στρατιωτών. Ωστόσο το φρούριο πιθανότατα να μην τέθηκε ποτέ σε πολιορκία, καθώς το εκστρατευτικό σώμα των βυζαντινών καταστράφηκε ολοσχερώς στο σημείο όπου στρατοπέδευσε κατά την απόβαση του στο νησί, σε νυχτερινή επιδρομή Σαρακηνών. Ο Νικηφόρος Φωκάς (912 - 969) ήταν Βυζαντινός αυτοκράτορας από το 963 έως το 969 . Τα λαμπρά στρατιωτικά κατορθώματά του συνέβαλαν στην αναζωπύρωση της Βυζαντινής αυτοκρατορίας κατά τη διάρκεια του 10ου αιώνα. O Νικηφόρος Φωκάς καταγόταν από τη μεγάλη στρατιωτική οικογένεια των Φωκάδων της Καππαδοκίας. Ακολούθησε και ο ίδιος στρατιωτική σταδιοδρομία και τιμήθηκε με τον τίτλο του μαγίστρου. Το 960, με την ιδιότητα του δομέστικου των σχολών της Ανατολής, ο μετέπειτα αυτοκράτορας ανέλαβε επικεφαλής της εκστρατείας για την απελευθέρωση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς (Άραβες). Συγκέντρωσε το βυζαντινό στρατό στα Φύγελα της Μ. Ασίας, κατέπλευσε στον κόλπο του Αλμυρού και άρχισε τις επιχειρήσεις εναντίον του αραβικού στρατού. Στρατοπέδευσε κοντά στο Xάνδακα (Ηράκλειο), την πρωτεύουσα της Κρήτης, επιχειρώντας ταυτόχρονα επιθέσεις εναντίον των τειχών και εξορμήσεις στο εσωτερικό, για να υποτάξει ολόκληρο το νησί. Ύστερα από εννέα μήνες δραματικής πολιορκίας, το Μάρτιο του 961, κατέλαβε το Χάνδακα και επανέφερε την Κρήτη στους κόλπους της βυζαντινής αυτοκρατορίας για τα επόμενα 250 χρόνια. Μέρος από τα λάφυρα παραχώρησε στο φίλο του Αθανάσιο Αθωνίτη , ο οποίος τον είχε ακολουθήσει στην εκστρατεία της Κρήτης, για να ιδρύσει τη Μονή Μεγίστης Λαύρας στο Άγιον Όρος. Πριν από την αναχώρησή του, ο Φωκάς οργάνωσε διοικητικά, στρατιωτικά και θρησκευτικά το νησί (αφήνοντας μάλιστα για τη θρησκευτική στήριξη, αναμόρφωση και τον επανεκχριστιανισμό του νησιού, τον εκ του Πολεμονιακού Πόντου καταγόμενο Άγιο Νίκωνα τον "Μετανοείτε") και άφησε αξιόλογη φρουρά για την προστασία του από νέες αραβικές επιδρομές. Επιχείρησε μάλιστα τη μεταφορά της πρωτεύουσας σε άλλο σημείο και για το σκοπό αυτό οχύρωσε ένα λόφο νότια του Χάνδακα , όπου έχτισε το φρούριο Τέμενος. Ωστόσο, η νέα πρωτεύουσα δεν κατάφερε να επιβληθεί, με αποτέλεσμα ο Χάνδακας να αναβιώσει και να γίνει έπειτα από λίγο το διοικητικό και εκκλησιαστικό κέντρο της Κρήτης. Κατά την επιστροφή στην Κωνσταντινούπολη , τελέστηκε θρίαμβος ενώπιον του αυτοκράτορα Ρωμανού Β' και μεγάλου πλήθους. Όταν κάποιος ταξιδεύει στην Κρήτη θα ακούσει αρκετά συχνά ανθρώπους να λένε ότι κατάγονται από βασιλικό αίμα, απόγονοι ευγενών που ζούσαν κάποτε στην Κρήτη. Ο επισκέπτης συχνά θα απορρίψει αυτές τις ιστορίες σαν γεροντικές φαντασίες ή σαν παρεξήγηση της Κρητικής διαλέκτου που σε μερικά μέρη παρουσιάζει δυσκολίες. Θα κάνει όμως λάθος, καθώς υπήρχαν ευγενείς σε όλα τα μέρη της Κρήτης κατά την τελευταία περίοδο της Βυζαντινής εποχής και κατά τη διάρκεια της Βενετοκρατίας. Αυτοί ήσαν κυρίως απόγονοι των Βυζαντινών αριστοκρατικών οικογενειών που εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη κατά τον 11 ο και 12ο αιώνα. Η δεύτερη κατά σειρά αποίκηση είναι επίσης γνωστή και ως ο θρύλος των 12 Αρχοντόπουλων, εν μέρει θρύλος και εν μέρει ιστορικό γεγονός. Μέρος του θρύλου αυτού βασίζεται σε πραγματικά ιστορικά γεγονότα ενώ άλλα μέρη του βασίζονται σε πλαστογραφημένα έγγραφα που προετοιμάστηκαν ειδικά για τους επερχόμενους Βενετούς κατακτητές της Κρήτης που κατέλαβαν το νησί το 1204. Όταν ο στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς, και αργότερα αυτοκράτορας του Βυζαντίου, απελευθέρωσε την Κρήτη από τους Αραβες το 961, ανησύχησε για το χαμηλό ηθικό και τις θρησκευτικές αντιλήψεις του πληθυσμού μετά από 137 χρόνια Αραβικής κατοχής. Αυτό, σε συνδυασμό με την αντίσταση του τοπικού πληθυσμού έναντι της νέας Βυζαντινής διοίκησης, ανάγκασε τον Αυτοκράτορα Αλέξιο Κομνηνό Α' να στείλει προς τα τέλη του 10ου αιώνα έναν αριθμό διακεκριμένων Βυζαντινών οικογενειών από την Κωνσταντινούπολη να αποικήσουν την Κρήτη, με σκοπό να ανυψώσουν το ηθικό του πληθυσμού και τα θρησκευτικά ιδεώδη αλλά και να επιβάλλουν καλύτερο έλεγχο στον ντόπιο πληθυσμό. Αυτή η πρώτη αποστολή δεν επέτυχε στο σκοπό της και έναν αιώνα αργότερα, κατά τη διάρκεια της βασιλείας του αυτοκράτορα Αλέξιου Κομνηνού Β' , δισέγγονου του Αλέξιου Κομνηνού Α', μία νέα ομάδα Βυζαντινών ευγενών έφθασε στην Κρήτη. Τους δόθηκαν σημαντικά περιουσιακά και διοικητικά προνόμια. Η άφιξη τους είναι γνωστή μέσα από το πέρασμα των αιώνων ως η ιστορία των Δώδεκα Αρχοντόπουλων. Αυτό το γεγονός έγινε αντικείμενο αντιδικίας μεταξύ ιστορικών τα τελευταία χρόνια. Η ιστορία, ή ο μύθος για μερικούς, περιγράφεται παρακάτω. Ο Αλέξιος Κομνηνός Β', ανησυχώντας για τη συνεχή αναταραχή στην Κρήτη, έστειλε 12 επιφανείς Βυζαντινές οικογένειες για να δημιουργήσουν νέους δυνατούς δεσμούς με την Πόλη και να βελτιώσουν τις θρησκευτικές, ηθικές και οικονομικές συνθήκες του ντόπιου πληθυσμού. Σε ένα έγγραφο γνωστό ως «Χρυσόβουλλο ». (έγγραφο που φέρει χρυσή σφραγίδα για την αυθεντικότητα της υπογραφής του αυτοκράτορα) ο αυτοκράτορας, αφού απειλεί τους Κρήτες με αυστηρή τιμωρία σε περίπτωση ανυπακοής τους προς τη θέληση του, λέει ότι τους στέλνει ως βασιλιά και θεματοφύλακα του τον γιό του Ισαάκιο μαζί με 12 Αρχοντες. Σύμφωνα με το Τακτικό του Εσκοριάλ (975 μ.Χ.), που είναι η πρώτη μας πηγή που μας πληροφορεί για την ύπαρξη θέματος Κρήτης, ο στρατηγός -επικεφαλής τους θέματος βρίσκεται στην 23η θέση σε σύνολο 83 στρατηγών. Ο πρώτος γνωστός στρατηγός του θέματος Κρήτης μετά το 961 μ.Χ. ήταν κάποιος πατρίκιος Βασίλειος που η σφραγίδα του χρονολογείται γύρω στα 1000 μ.Χ. Από τα τέλη του 11ου αιώνα οι διοικητές φέρουν τον τίτλο του Δούκα ή του Κατεπάνω κι όχι του Στρατηγού , μέχρι την κατάληψη του νησιού από τους Βενετούς. Η δικαστική και δημοσιονομική εξουσία είχε περιέλθει στος Κριτές αξιωματούχους που διοικούσαν περισσότερα του ενός θέματα. Από τα τέλη του 11ου αι. οι Δούκες πάιρνουν τις εξουσίες των Κριτών. Το Θέμα της Κρήτης χωριζόταν σε Τούρμες όπως και κάθε Θέμα. Τρεις είναι οι πιο γνωστές στην Κρήτη, του Καλαμώνος, του βορρείου της Μεσαρέας και της Κνωσσού, χωρίς να αποκλείονται και άλλες. Από τον 10ο αι. παύει να έχει το χαρακτήρα του Θέματος διαθέτωντας ελάχιστες ναυτικές δυνάμεις και μόνο στρατό ξηράς, ο οποίος από τον 12ο αι. γίνεται μισθοφορικός. Επί αυτοκράτορος Ισαάκιου Β’ Άγγελου(1185-1195), το Βυζάντιο βρίσκονταν σε πλήρως ασταθή και άθλια κατάσταση. Ο Ισαάκιος έκλεινε συμφωνίες επιβλαβείς για την οικονομία, το εμπόριο και το μέλλον της αυτοκρατορίας. Μέσα σε αυτό το σκηνικό ο αδερφός του Αλέξιος Γ’, καταδίωξε τον Ισαάκιο και ανέβηκε ο ίδιος στο θρόνο. Ο γιος του Ισαάκιου, Αλέξιος Άγγελος, προκειμένου να αποκαταστήσει στο θρόνο τον πατέρα του, κατέφυγε στον ηγέτη της Δ’ Σταυροφορίας Βονιφάτιο, μαρκίωνα του Μομφερράτου. Για να εξασφαλίσει την υποστήριξή του, του παραχώρησε εδάφη. Μέσα στα εδάφη αυτά ήταν και η Κρήτη(σύμφωνα με την παράδοση τον Αλέξιο συνόδευαν Κρήτες που συνυποσχέθηκαν τη μεγαλόνησο). Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους το 1204, στη διανομή εδαφών της διαμελισμένης αυτοκρατορίας, δεν συμπεριλαμβάνονταν η Κρήτη γιατί ανήκε ήδη στον Βονιφάτιο. Λίγους μήνες μετά ο Βονιφάτιος για να πετύχει υην υποστήριξη της Βενετίας στη διαμάχη του με τον Βαλδουιίνο της Φλάνδρας, παραχώρησε την Κρήτη στη Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου (Βενετούς) αντί του ποσού των 1000 αργυρών μαρκών. Το 1206 ο γενουάτης Ερρίκος Πεσκατόρε κατέλαβε την Κρήτη. Ακολούθησε σκληρότατος πόλεμος μεταξύ Βενετών-Γενουατών που κράτησε πέντε χρόνια και τελείωσε το 1211 με την οριστική επικράτηση των Ενετών. Έτσι ξεκινά μια περίοδος 450 ετών Βεετοκρατίας και 700 ετών ξενοκρατίας. Οι Κρητικοί με την προοπτική «άλωσης» της βυζαντινής αυτοκρατορίας και την αναμενόμενη «πτώση» της, δέθηκαν περισσότερο με τους τοπικούς άρχοντες (οι οποίοι κατάγονταν από βυζαντινές οικογένειες) και τον κλήρο. Οι αριστοκρατικές αυτές οικογένειες διέθεταν μεγάλη οικονομική και κοινωνική δύναμη και μαζί με τον κλήρο ασκούσαν τεράστια επιρροή στον τοπικό πληθυσμό. Οι εξεγέρσεις στην Κρήτη(που στο σύνολό τους αριθμούν 27) ξεκίνησαν από την πρώτη περίοδο της Βενετοκρατίας και είναι σίγουρο ότι ανάγκασαν τους Βενετούς να τροποποιήσουν ή και να εγκαταλείψουν, αρκετές φορές, τα αρχικά τους σχέδια για το νησί. Επικεφαλής των κινημάτων αυτών ήταν οι τοπικοί άρχοντες, οι οποίοι ωστόσο δεν εξεγέρθηκαν ποτέ όλοι μαζί. Ήδη από τα τέλη της βυζαντινής περιόδου είχαν αναδειχθεί τεράστιες διαφορές μεταξύ των τοπικών αρχόντων. Όλοι τους ήταν φορτισμένοι με την βυζαντινή-αριστοκρατική τους καταγωγή, ενώ μερικοί από αυτούς είχαν εξελιχθεί σε ισχυρούς γαιοκτήμονες-φεουδάρχες με ισχυρές αυτονομιστικές τάσεις, αρνούμενοι να υπακούσουν σε κάποιο κέντρο αποφάσεων. Έτσι δεν κατόρθωσαν ποτέ να αντιτάξουν κοινό μέτωπο επαναστατών κατά των Βενετών. Η μεροληψία στη φορολογία και τα δικαιώματα ευγενείας από την αριστοκρατία της Βενετίας έναντι των Κρητών τιμαριούχων, έχει σαν αποτέλεσμα την λεγόμενη αποστασία του Αγίου Τίτου τον Αύγουστο του 1363. Η Βενετία θέλοντας να απομονώσει τους επαναστάτες από τον χριστιανικό κόσμο έστειλε εκκλήσεις υποστήριξης κατά των επαναστατών σε πολλά χριστιανικά κράτη μεταξύ των οποίων και στον τότε βυζαντινό αυτοκράτορα Ιωάννη Ε' Παλαιολόγο. Όλοι ανταποκρίθηκαν θετικά, διακόπτοντας οποιεσδήποτε συναλλαγές με την Κρήτη και συνδράμοντας στρατιωτικά στην καταστολή της εξέγερσης. Σύμφωνα, λοιπόν, με το χειρόγραφο αυτό, το τελευταίο δεκαήμερο του Μάρτη του 1453 χίλιοι πεντακόσιοι Κρήτες εθελοντές ξεκίνησαν με πέντε καράβια και με σκοπό την ενίσχυση της άμυνας της Κωνσταντινούπολης. Αρχηγός τους ήταν ο Μανούσος Καλλικράτης από τα Σφακιά, ιδιοκτήτης των τριών καραβιών και καπετάνιος του ενός. Στα άλλα δύο καράβια του καπετάνιοι ήταν ο Γρηγόρης Βατσιανός Μανάκης από τ' Ασκύφου Σφακίων και ο Πέτρος Κάρχας από την Κυδωνία, γνωστός και με το παρανόμι Γραμματικός. Το τέταρτο καράβι ανήκε στον Ανδρέα Μακρή από το Ρέθυμνο και είχε κυβερνήτη τον ίδιο και στο πέμπτο, ιδιοκτησίας του καπετάν Νικόλα του Στειακού, τη διοίκηση ανέλαβε ο Παυλής Καματερός από την Κίσσαμο. Όταν έφτασαν οι Κρήτες στην Βασιλεύουσα, επάνδρωσαν 3 πύργους , από τους 112 που υπήρχαν συνολικά στα προστατευτικά τείχη της. Οι Κρήτες αυτοί αντιστάθηκαν μέχρι τέλους στους τρεις πύργους που βρίσκονταν την είσοδο του Κερατίου και παρά τις αλλεπάλληλες προσπάθειές τους, οι Οθωμανοί δεν κατόρθωσαν να εκπορθήσουν τους πύργους ή να κάμψουν την αποφασισμένη αντίσταση των υπερασπιστών. Οι ανώτεροι αξιωματικοί του σουλτάνου, εντυπωσιασμένοι από την παλικαριά των τελευταίων ζωντανών υπερασπιστών της Πόλης, τους πρότειναν παράδοση υπό τους δικούς τους όρους. Εκείνοι δέχτηκαν να παραδοθούν υπό τον όρο να τους επιτραπεί να φύγουν χωρίς να πειραχτούν, με όλα τους τα υπάρχοντα και άρματα και με τιμή. Οι ηγέτες των Οθωμανών, που εκτίμησαν τη γενναιότητα και που, βεβαίως, δεν ήθελαν να υποστούν δυσανάλογα μεγάλες απώλειες για να ολοκληρώσουν την κατάκτηση της πόλης που ήταν ήδη δική τους, ενώ πιθανόν έκριναν ότι αν χρονοτριβούσαν ακόμη περισσότερο στο σημείο αυτό, δεν θα είχαν το ανάλογο μερίδιο από τη λεηλασία, δέχτηκαν. Οι Κρήτες, συντεταγμένοι και με την υπερηφάνεια εκείνου που δεν ηττήθηκε από υπέρτερους εχθρούς, μπήκαν στα δύο πλοία τους που ήταν αγκυροβολημένα κοντά στα κάστρα και αναχώρησαν για τη Μεγαλόνησο . Στα ταξίδι της επιστροφής ένα απο καραβια ναυάγησε στο Αγιο όρος εξ ου και η υπαρξη του χειρόγραφου. Σύμφωνα με την παράδοση, τα μαντήλια στην Κρήτη μετά την είδηση της άλωσης, βάφτηκαν μαύρα και μπήκαν κρόσσια, συμβολίζοντας τα δάκρυα των Κρητών για την απώλεια της Πόλης. Στους εορτασμούς της επιστροφής τους λέγεται ότι χορεύτικε για πρώτη φορά ο "ο «συρτός χανιώτικος », ο «βασιλιάς» των κρητικών χορών.
Πηγή: https://el.m.wikipedia.org/wiki/Ιστορία_της_Κρήτης
https://el.m.wikipedia.org/wiki/Νικηφόρος_Β´_Φωκάς
http://keritisriver.blogspot.nl/2013/08/Ta-dodeka-arxontopoyla-toy-Byzantioy-stin-Kriti-ton-epanastaseon.html?m=1
http://papoutsakis.blogspot.nl/2006/11/1211-1669.html?m=1
http://vizantinaistorika.blogspot.nl/2014/05/k.html?m=1
ΤΟ ΕΙΔΑΜΕ ΕΔΩ:greekhistoryandprehistory.blogspot.com/